Thực hiện chủ trương của Trung ương, Thành phố Hà Nội và UBND xã Thường Tín về việc sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị sự nghiệp công lập nhằm tinh gọn bộ máy, nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động, ngày 30/7/2026, UBND xã Thường Tín đã ban hành Quyết định số 5937/QĐ-UBND về việc thành lập Trường THCS Nguyễn Trãi A trên cơ sở sáp nhập Trường THCS Nguyễn Trãi A, Trường THCS Thị trấn Thường Tín và Trường THCS Văn Phú.